Mục vụ Tuyên úy của Knox trong Lâu đài St Andrew kéo dài không bao lâu. Vụ ám sát Hồng y Beaton kiến Nhiếp chính James Hamilton giận dữ. Ông yêu cầu người Pháp trợ giúp để chiếm lại lâu đài.[25] Ngày 29 tháng 6 năm 1547, 21 chiến thuyền (galley) Pháp dưới quyền chỉ huy của Leone Strozzi, tu viện trưởng Capua, bao vây lâu đài. Ngày 31 tháng 7 những người trong lâu đài bị buộc phải đầu hàng. Những nhà quý tộc Kháng Cách và những người khác, trong đó có Knox bị bắt làm tù binh và đưa vào đội chèo thuyền.[26] Những nô dịch này trên các chiến thuyền Pháp bị xích vào chỗ ngồi, chèo thuyền suốt cả ngày mà không được phép thay đổi tư thế đưới sự giám sát của quân lính với roi vọt trong tay.[27] Họ đến Pháp, theo dòng sông Seine tới Rouen. Trong số các nhà quý tộc nô dịch trên thuyền, có những người gây ấn tượng đáng kể trên Knox như William Kirkcaldy và Henry Balnaves. Những người này bị giam giữ trong các lâu đài dùng làm nhà tù ở Pháp,[26] Knox và những người còn lại tiếp tục hành trình đến Nantes, rồi trú đông ở Loire.

Mùa hè năm 1548, đoàn thuyền trở lại Scotland để trinh sát các chiến thuyền Anh. Lúc ấy, trong điều kiện sống khắc nghiệt của người tù khổ sai sức khỏe của Knox suy giảm nghiêm trọng. Knox mắc bệnh nặng đến nỗi các bạn tù lo lắng cho tính mạng của ông. Song, theo lời Knox kể lại, tâm trí ông vẫn sáng suốt, tiếp tục khích lệ bạn tù với niềm hi vọng sẽ sớm được phóng thích. Khi đoàn tàu cập bến khoảng giữa St Andrews và Dundee, ngọn tháp nhà thờ giáo xứ nơi Knox từng thuyết giảng hiện ra trong tầm mắt. James Balfour, một bạn tù, hỏi xem ông có nhận ra tháp chuông ấy không, Knox trả lời,

Tháng 2 năm 1549, sau 19 tháng khổ sai trên tàu Pháp, Knox được trả tự do.[29]